Аккредитация организаций образования – это процедура признания аккредитационным органом соответствия образовательных услуг установленным стандартам (регламентам) аккредитации с целью предоставления объективной информации об их качестве и подтверждения наличия эффективных механизмов его повышения.
Во всем мире аккредитация вуза сказывается не только на имидже университета, но и на востребованности выпускников, отмечая качество аккредитованного высшего учебного заведения.
Процесс аккредитации в Независимом агентстве аккредитации и рейтинга проходил в КИнЭУ в два этапа:
1. 2015 год
2. 2019 год
В декабре 2015 года решением Аккредитационного совета Независимого агентства аккредитации и рейтинга (НААР) университет получил институциональную аккредитацию сроком на 3 года.
На три года аккредитованы специальности: «Транспорт, транспортная техника и технология», «Стандартизация, метрология, сертификация», «Аграрная техника и технология», «Автоматизация и управление», «Вычислительная техника и программное обеспечение» и «Агрономия».
По двум специальностям – «Организация перевозок, движения и эксплуатация транспорта» и «Машиностроение» — вуз получил аккредитацию на 5 лет.

25 января 2019 года на заседании Аккредитационного Совета НААР было принято следующее решение по Костанайскому инженерно-экономическому университету имени М.Дулатова:
1) О международной институциональной реаккредитации Костанайского инженерно-экономического университета имени М.Дулатова сроком на 5 лет
2) О международной специализированной реаккредитации образовательных программ: «Транспорт, транспортная техника и технология», «Аграрная техника и технология»,
«Автоматизация и управление», «Вычислительная техника и программное обеспечение» и «Агрономия», «Стандартизация и сертификация (по отраслям)» сроком на 5 лет
3) О международной специализированной аккредитации образовательных программ: «Логистика (по отраслям)», «Технология перерабатывающих производств (по отраслям)», «Теплоэнергетика» сроком на 3 года